El Doctorado en Historia se creó en el año 1922 y desde entonces han recibido el título de doctor en la especialidad reconocidos intelectuales como José Luis Romero, José Panettieri, Samuel Amaral, Alfredo Pucciarelli, entre otros. En la década del 90 recobró un enorme impulso consolidándose como un centro de formación académica de excelencia.
De carácter personalizado, las actividades formativas se articulan a partir del cumplimiento de seminarios y actividades académicas determinadas para cada doctorando en particular, a partir de un plan de actividades formativas presentado por el Director o Directora de Tesis. Esta modalidad presenta las ventajas de una estructura curricular flexible que posibilita adecuar la oferta académica a las diferentes necesidades formativas de los doctorandos y sus temas de tesis.