El Doctorado Interinstitucional en Ciencias Económicas es una carrera de la Red de Universidades Patagónicas que dictan en conjunto la UNPA y las universidades nacionales de La Pampa, Comahue, Río Negro, Patagonia San Juan Bosco y Tierra del Fuego. Forma investigadores del más alto nivel en las disciplinas de las ciencias económicas.
Apunta a profesionales que quieran dedicarse a la investigación y el desarrollo científico, con capacidad crítica y creativa, y a generar aportes originales en el área dentro de un marco de excelencia académica. También busca consolidar una masa crítica de académicos y especialistas en las provincias patagónicas.
Es una carrera semiestructurada de 620 horas: 120 de cursos obligatorios, 300 de cursos electivos y 200 para la tesis doctoral. Las clases presenciales se alternan entre las sedes de las seis universidades, con participación mediada por tecnologías para el resto. Quien se inscribe en la UNPA cursa como estudiante de las seis instituciones.