Es una maestría personalizada: el director de tesis y el maestrando diseñan juntos el plan de estudios, con el aval de un consejero de tesis, y los créditos deben completarse en un plazo no mayor a dos años desde la aceptación del ingreso. La defensa de la tesis tiene un plazo máximo de tres años.
La formación se organiza en cinco orientaciones: Medicina Clínica, Medicina Quirúrgica, Ciencias Médicas Básicas, Ciencias Éticas, Humanísticas y Sociales Médicas, y Disciplinas de Ciencias de la Salud, las mismas áreas en las que trabaja el doctorado de la facultad.
Son 704 horas en total: 544 de formación teórica y práctica —de las cuales al menos 224 corresponden a cursos teóricos y 320 pueden ser actividades prácticas o pasantías— y 160 de seminarios para la preparación de la tesis. La facultad plantea la maestría como estructura formativa con identidad propia que puede continuarse en su doctorado, tomando la tesis de maestría como raíz del trabajo doctoral. Se considera obligatorio poder leer e interpretar textos en inglés.